Полуостров Какумяэ появился примерно 4000 лет назад как группа небольших островов. Соединившись, они образовали остров длиной 2 км, который в конце концов присоединился к материку.

Первое упоминание о Какумяэ относится к 1467 году (Kakamaye). Начиная с 1561 Какумяэ относится к району Хааберсти, название которого произошло от нем. "овсяный".

Начиная с конца 16 века, Какумяэ был частью поместья Хааберсти. Само здание мызы (поместья) было расположено там, где сейчас стоят главные ворота зоопарка. До 1817 года мыза Хааберсти административно подчинялась полиции города Таллинн, но позже она была отнесена к приходу Кейла. Какумяэ был деревней, расположенной в Хааберсти, пока в 1975 году он не был присоединен к Таллинну. Сегодняшний Какумяэ - это район в административной части города Хааберсти.

В течение долгого времени территория порта Какумяэ использовалась как часть фермы Сууревялья (именно поэтому поблизости от порта есть улица Сууревялья). В первый период независимости территория гавани принадлежала г-же Луизе Гроссфельдт, а до возвращения земель в начале 1990-ых здесь хозяйствовал рыбсовхоз им. М.С.Кирова.

Именно рыбсовхоз им. Кирова построил в этой местности первый объект морской инфраструктуры - небольшой причал для рыболовецких судов. В рыбсовхозе неподалеку от рыболовецкого порта также были промышленные здания и мастерская по починке рыболовных сетей, позже здесь появилась мастерская по производству рыбной продукции и прочие помещения для переработки рыбы. AS Spratfil, учрежденное в 1991 году, приватизировало/приобрело в собственность рыбоперерабатывающие мощности. Другие земли, примыкающие к порту, были возвращены прежним владельцам или приватизированы.

В 2004 году инвестиционная компания Baltreal Invest, собственниками которой являются Сандер Каус и Свен Маанурм, приобрели участок земли Леста 10 в порту Какумяэ. За следующие полтора года компания также приобрела Леста 11, Леста 20, Леста 22 и землю под портом (Ноода теэ 8). В феврале 2005 года было начато составление новой детальной планировки с целью превратить эту территорию в многофункциональный яхтенный порт.

В 2006 году было учреждено OÜ Kakumäe Jahisadam, которое приобрело у Baltreal Invest участки земли и приступило к (освоению, разработке, подготовке, проектированию и застройке) данной территории. Kakumäe Jahisadam собрало у инвесторов капитал на приобретение и девелопмент земельных участков. Кроме Сандера Кауса и Свена Маанурма (собственники Baltreal Invest) основными инвесторами также стали Яан Пиллесаар, Пеэтер Мянд, Ханнес Тамъярв и другие.

Измененная детальная планировка вступила в силу 5,5 лет спустя, к концу 2010 года, но местные жители и некоммерческая организация Kakumäe Selts опротестовали ее в суде, потребовав отмены планировки. Процесс завершился в конце 2013 года, когда Государственный суд не нашел недочетов в подготовке/составлении детальной планировки.

В 2014 году Прийт Херодес создал официальную эмблему порта. Эмблема объединяет в себе символы, характеризующие эту местность, а также девиз UT CLASSIS NAVIGET (суда должны быть в пути). Эмблема Порта Какумяэ была зарегистрирована геральдическом отделе Департамента охраны памятников старины и культуры 21 мая 2014 года.

В середине 2014 года OÜ Estmare Invest, которым владеет семья Каарма, а также OÜ Kakumäe Jahisadam начали переговоры для проведения девелоперских мероприятий в данном районе. Переговоры были завершены в 2015 году учреждением нового совместного инвестиционного союза Haven Kakumäe, который приобрел земельные участки и с тех пор занимается девелопментом порта и прилегающих объектов недвижимости.